В мрачном будущем Ghostrunner у человечества осталось лишь одно убежище — гигантский город-башня. Его построил Архитектор, который скончался много лет назад при загадочных обстоятельствах. «Все знают правду, но никто не говорит её вслух», — пишут разработчики.

Городом-башней стал править Ключник. Общество убежища утопает в жестокости, бедности и хаосе. Ценность человека зависит от имплантов, которые он получил в детстве. Импланты определяют, к какой социальной группе будет относиться человек. Нет хороших имплантов — нет хорошей жизни.

Такие условия привели к восстанию. Главный герой — кибервоин, единственный, кто может сражаться и в физическом мире, и в киберпространстве. Он должен прорваться к вершине башни, раскрыть секреты города и бросить вызов Ключнику.