Я еще немножко уточню. Тут нужно понимать ,что при переходе из одного варианта реальности в другое - разум объединяется. И Букер (тот, который не принял крещение и стал алкоголиком) вошел в сознание Комстока и дал себя убить. И все вселенные где был Комсток просто взяли и исчезли, поэтому исчезли и все Элизабет. Временной аномалии нет, остались только одна реальность с ДРУГИМ уже Букером, который не продал свою дочь.

Самое главное что в реальности нашего Букера умерла и жена и дочь(вспомните он удивлеятся Знаку AD, что означает "Anna Dewitt" на своей руки и ребенку в люльке, говоря что все было не так и как в конце говорила Элизабет "She's Gone" значит она умерла, а не "ее нет" (как наши локализаторы перевели), показывает обветшалую комнату и говорит что последние 20 лет он провел в одиночестве со своими грехами, после чего открывается разрыв и Брат с сестрой Лютез переносят Нашего букера в реальность где Дочь выжила, но из-за долгов он ее продал.
При переходе у него проявились новые воспоминания, а его мозг додумал остальное, как сказал Роберт Лютез в конце "его мозг адаптируется" От сюда и происходит "Приведи девчонку и мы в расчете" это просто смесь памяти другой реальности, воображения и алкоголя (вспомните эту сцену, он бухой там))
( Роберт Лютез поставил перед сестрой условие что они помогут вернуть Элизабет или он уйдет, Комсток организовал покушение на них, на брат с сетрой выжили но были рассеяны по реальностям вероянтности поэтому они могут появится где угодно)