1 - Основные квесты
2 - Связь с Джонни.
3 - Связь с собой.
2 и 3 по сути связаны с концовками.

В игре почти весь дроп рандомный ,а значит просто сохраняйтесь рядом с ящиком где лежит шмотка и загружайтесь.
В один момент она станет легендарной и всё.
Есть места где шмот уже заранее прописан.

или же эти проценты показывают не "уровень прохождения от 0 до 100" а реальную связь с Джонни - т.е. 100% - его разум слил со своим,а если 0 - остался сам собой в прямом смысле? и не нужно к 100 стремится в таком случае?

Почему нельзя запустить Альт в сеть микоши и потом самоубиться живым, не подключаясь к сети, ведь Альт заранее говроила, что использует душегуб и что фактически убьёт героя. То есть самоубиться немного позже, чем предоставляют это в игре и тем самым избавить мир от корпорации арасака и умереть живым.

Ну вообще, тут V дают шанс на излечение, которого нет. Тут просто другую суть хотят подать. Ценность жизни, стремление к спасению, дружба со своими внутренними врагами...

Я думаю ты прав и именно это посыл разработчиков, а вот автор, который писал основной сюжет, явно черпал идеи из Ghost in the Shell и его основного посыла, в том, что в будущем грань между человеком и искусственным интеллектом (в данном случае - конструктом, который собран по цифровой копии мозга конкретной личности) будет размыта

Ясное дело, что откуда-то автор черпал. Да и я заранее думал, еще до выхода, что в сюжет явно засунут основную мысль с киберпространством и "бессмертием". Но тут, персонажа обыграли, как обычного смертного, который в любом случае не имеет возможности на спасение, кроме варианта, как уйти в сеть.